从明代起，由于废除了中书省和宰相，由皇帝直接掌管六部百司的政务。实际上等于兼任了宰相，把君主独断专行扩大到了顶峰。
可是，这只是明初形势下。明太祖权力欲极强，猜疑心重，统治经验丰富，精力充沛等所采取的措施。
作为制度，后代不具备这些特点的皇帝是没有能力，也不愿意照样执行的。可是“祖训”又不便公开违背。在这种情况下，经过改造，内阁制度便逐渐形成。
明代内阁大学士，和以往宰相不同，在制度上始终没有监督六部、百司执行皇帝诏令之权。直到明末崇祯年间，一些阁臣为推卸责任仍在说：“昭代本无相名，吾侪止供票拟。上委之圣裁，下委之六部”
这正是明太祖这个历史上个别杰出人物废宰相后，给后代政治制度所打上的深深烙印。可是由于官僚士绅限制君主独断专行这一目的不可遏止，后来的文官自觉不自觉地逐渐把内阁塑造成了实际上代替宰相的权利机构。
内阁拥有“票拟”之权。这就使它对皇帝权力的限制，超过了过去的宰相。所谓票拟，便是代皇帝草拟各种文书，大量是关于六部、百司各类政务奏请文书的批答。
它可以是先与皇帝共同讨论，作出决定后再草拟成文字，更多的是内阁先拟好批答文字，连同原奏请文书一起送皇帝审批。
由于票拟要比以往各朝辅佐君主处理政务的制度更加细致、周到。特别是过去（如唐宋）草拟下行诏令和审核上行奏章的机构。有中书，有门下，有翰林院。比较分散，明代全都归口于内阁。
这就给大多数皇帝单纯倚靠内阁票拟，自己可以不怎么关心政事，提供了极大方便。其结果便是：表面上宰相废去，皇帝直接指挥六部、百司政务；实际上多半依靠“票拟”定夺，皇帝的意志和权力受到内阁诸臣极大的左右限制。
如果说儒家的“君逸臣劳”要找一种理想模式的话，那么明代内阁票拟便是这种模式。
由于票拟是下达皇帝诏令的正常途径。所以明代内阁限制皇帝滥下手诏、中旨的斗争，更加制度化。
当时一般的做法是：各类文书全归口于内阁票拟。疑难者由皇帝召阁臣一起商议决定。但必要时皇帝也可在禁中主动提出自己关于政事和用人的意见，通过手诏、中旨（或宦官传口谕）下内阁票拟。对于这类手诏等，内阁可以奉行，也可以拒绝。全都合法。
历史上绝顶聪明的嘉靖皇帝，经过多年与文臣的斗争，终于使中旨慢慢合法化，成为皇帝的一种权力。尽管如此，在此之后，应信用内阁、而不应滥发中旨的意见，仍接连不断，没有一个皇帝在原则上加以拒绝。
因为君主拥有至高无上权力，各个君主的性格并不相同。每届内阁成员又各有特点。所以君主与内阁矛盾后，越过内阁，迳发中旨处理政务之事也不少。
但是明代皇帝虽有时下中旨处理政务。似乎由他独断专行，实际上并不合乎惯例、制度。
皇帝自己心理上大概也得承受很大负担，怕成不了“明君”。所以万历皇帝对阁臣的抗议，只得以“不省”了之。反过来也就证明，一般情况下，必得受内阁的限制。