除中书府之外、大将军府之下还有枢密、监察二府。
其中枢密府掌管军事，设有枢密使一人，官职正三品。枢密副使二人、官职从三品。枢密使由刘宣自己亲自担任，两名副使则任命了李旭升、张虎成二人。
枢密府之下、下辖军法、总务、武备、练兵、后勤、军马六司，另设有传令、军医二处。六司司长皆为正五品、副司长为从五品。传令、军医二处处长地位稍微低一些，官职为正六品。
其中军法司为枢密府地位最高的一个司、司长暂时由枢密副使张虎成兼任。张虎成第五旅旅长的职务，由第五营营官张应金接任。
军法司之下，下辖宪兵一个营，负责纠察军纪，审判违反军纪的军人。此外，军法司还对口掌管各支军队的军法官。这一次刘宣加大了军队中军法官的权利，规定没有所在军队的军法官同意签名，各级军官不能提升。
总务司掌管机要文件、地图典籍，算是枢密府的大管家，司长调任了后勤司副司长种平担任。
武备司司长现如今没有合适的人选，只能选择了这次科举中杂学一科考的最好的探花赵三才担任。
练兵司负责训练新兵，司长由郎雄接任。按照现在这种情况，练兵司每月∑，都能给刘宣补充两千新兵。
后勤司司长还是孙登，以前成熟的运转机制也没有改动。新成立的军马司负责掌管马政，司长任命了李旭通。
李旭通虽然性格懦弱，但是毕竟在塞外长大。本人还是一个合格的兽医。再加上他身为金娘的二哥，所以被刘宣任命了这个职务。
从秦汉开始。中原王朝就有阉割战马的习惯，不仅仅是中原。就连蒙古高原上的野蛮人，也都有这种陋习。这样一来，虽然在训练骑兵时比较容易，但是却带来了马种不可避免的全面退化。
凡是优良的战马，一代代被阉割下来，到了明末之时，中原大地、蒙古高原几乎没有多少优秀的战马资源了。
而此时的德意志、波兰等欧洲国家、改良马种的工作已经持续了几百年。经过几百年改良战马，欧洲骑兵发展极快。这一时期、欧洲战马身材高大，比同一时期的东亚战马平均高二十公分以上。
此时的欧洲骑兵身披全身铁甲。战马负重二百多斤，在短途冲刺中也能够轻易追上游牧民族的轻骑兵，在骑兵作战中已经取得了极大地优势。
这一次刘宣建立军马司，给李旭通下达了严令不准阉割战马，要尽量收集良好的战马，用来改良马种。
此外枢密府还直辖平阳军校一所，军校下设骑兵、步兵、炮兵、工兵、宪兵、辎重六科，每科选拔学生二百人。军校校长规定为正四品，校长暂时为刘宣兼任。
监察府负责监察官员、纠劾事务。兼管审理重大案件和考核官吏。设立御史大夫一人，官职正三品，由资历最深的李昭云担任。监察御史四人，官职正四品。巡按御史十二人。官职正七品。